Dramatiško serialo centre du broliai, kurių užduotis yra sukurti drąsų planą, kaip pabėgti iš pragariško Panamos kalėjimo ir kartu demaskuoti vyriausybinį sąmokslą, per kurį jie buvo neteisėtai apkaltinti. Jiems priskiriamų nusikaltimų jie nepadarė.
Vos tik ėmę manyti esantys laisvi, broliai vėl suimami už patį pavojingiausią pabėgimą. Dramatiškame, įtampos kupiname trečiajame KALĖJIMO BĖGLIŲ sezone Maiklas Skofyldas (Wentworth Miller) neteisėtai įkalinamas Sonoje, pragariškame Panamos kalėjime, kur negalioja jokios taisyklės, nėra sargybinių ir iš kurio pabėgti neįmanoma.
Sėkmingai išlaisvinęs savo vyresnįjį brolį Linkolną Barouzą (Dominic Purcell) iš Foks Riverio kalėjimo, kur jis sėdėjo už nusikaltimą, kurio nepadarė (Pirmasis sezonas), Maiklas kartu su Linkolnu ir keliais kaliniais persekiojami visoje šalyje, kol galiausiai atsiduria atogrąžų Panamoje (Antrasis sezonas). Nepaisant Linkolno išteisinimo, broliams laisve džiaugtis tenka neilgai, nes šįkart neteisėtai apkaltintas Maiklas išsiunčiamas į Sonos kalėjimą. Sąmokslo kaltininkas vyriausybinė organizacija, pasivadinusi Kompanija , ta pati, per kurią Linkolnas atsidūrė už grotų pirmąjį kartą. Netrukus Maiklas sužino, kad Sonoje buvo pasodintas tyčia tam, kad sukurtų dar vieną drąsų ir, regis, neįmanomą pabėgimą iš kalėjimo šįkart tam, kad išlaisvintų Vistlerį (Chris Vance) paslaptingąjį kalinį, kuris slepiasi kalėjimo kanalizacijoje.
Sona (Karandiru kalėjimo Brazilijoje prototipas) nepanašus į jokį kitą kalėjimą Amerikoje.
Po kalinių sukelto maišto, per kurį žuvo daugybė žmonių, visi sargybiniai ir valdžia pasitraukė iš įkalinimo įstaigos. Kalėjime įsivyravo sava iškreipta hierarchija ir etikos normos, kurių autorius žiaurusis narkobaronas Lečeras (Robert Wisdom)
Atsidūrus Sonoje, Maiklui tenka daryti viską, kad išvengtų Lečero įtarinėjimų ir rūstybės, o kartu gintis nuo priešų trijulės: nuo Alekso Mahounio (William Fichtner) išdaviko FTB agento, kuris, kaip paaiškėjo, dirbo su Kompanija, Brado Beliko (Eade Williams) buvusio Foks Riverio kalėjimo sargybinio, kuris virto nevykėliu nusikaltėlių gaudytoju, ir vienarankio žudiko ir pedofilo Teodoro Ti-Bego Begvelo (Robert Knepper). Dėl to Maiklui pasidarė ypač keblu kurti pabėgimo planą.
Susikeitus vaidmenimis, dabar jau Linkolnui tenka laisvėje sukti galvą, kaip geriau įgyvendinti pabėgimą, o kartu ir kaip išgelbėti pagrobtą sūnų Eldžėjų (Marshall Allman) ir tikrąją Maiklo meilę Sarą Tankredi (Sarah Wayne Callies).
Panamoje Linkolnas susitinka Fernandą Sukrę (Amaury Nolasco), su kuriuo kartu pabėgo iš Foks Riverio, ir susideda su dviem gražiomis moterimis, kurios suvaidins svarbų vaidmenį pabėgime. Tai Siuzan Bė Entoni (Jodi Lyn OKeefe) šaltakraujė, mirtinai pavojinga Kompanijos operatyvininkė, ir Sofija (Danay Garcia), nekalta Vistlerio mergina, nė nenutuokianti apie jos tykančius pavojus.
Laikrodžiui grėsmingai tiksint, Maiklui ir Linkolnui reikia sugalvoti, kaip vėl susigrąžinti mylimus žmones, demaskuoti Kompaniją ir suorganizuoti patį neįtikėčiausią pabėgimą iš kalėjimo.
KALĖJIMO BĖGLIAI yra Adelstein-Parouse Production ir Twentieth Century Fox Television kūrinys. Filmo vykdomieji prodiuseriai yra Paul T. Scheuring, Matt Olmstead, Kevin Hooks, Marty Adelstein, Dawn Parouse, Neal Moritz, Brett Ratner. Vykdomųjų prodiuserių padėjėjai Zack Estrin, Nick Santora.